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NEWS实验不成功?尊龙凯时提醒您检测质粒质量不可忽视
来源:龚翠固 日期:2025-02-27粒子是微小的环状DNA分子,广泛存在于细菌等生物体中。在生物医疗的研究中,质粒因其易于改造而成为基因工程的重要载体,在合成生物学、蛋白工程、药物开发、细胞和基因治疗及疫苗研发等领域展现出广泛的应用潜力。然而,质粒的质量控制常常被忽视,有些质粒可能存在设计或序列上的错误,这会对其应用产生负面影响,因此需要引起重视。
尊龙凯时推出的CLC Genomics Workbench(CLC)是一款无须代码经验、操作简便的图形化软件,能够在质粒设计和序列验证的各个阶段,帮助科研人员检测质粒的质量,确保实验的顺利进行。在质粒设计的过程中,需要对质粒从启动子、限制性内切酶位点和开放阅读框等方面进行综合评估。CLC支持多种分子克隆质粒设计,包括限制性内切酶克隆、同源重组克隆及Gateway克隆,可自由添加注释,方便查看和保存质粒图谱。同时,CLC提供了限制性内切酶位点查找、开放阅读框搜索和高级结构预测等功能,方便在质粒设计阶段确保其正确性。
在进行后续研究之前,还需要对质粒进行DNA测序,以确保改造区域的准确性。Sanger测序作为经典的方法,CLC针对Sanger测序数据,提供了质量控制、杂合位点发现、有参比对、一致性序列导出等功能,帮助科研人员进行全面分析。CLC还能够轻松查看Sanger测序数据的峰图,快速发现测序结果与质粒图谱的差异,并支持自定义显示碱基数量、序列名称和颜色等信息,从而确保质粒序列的正确性。
然而,部分质粒由于其GC含量较高、DNA二级结构复杂、序列重复区域较多,可能会导致难以完成完整的Sanger测序,影响质粒验证。因此,越来越多的研究人员开始选择三代测序来解决这些问题。三代测序不仅操作简便、耗时短、无需引物扩增,还能够获取质粒的全长序列。尊龙凯时的CLC内置三代测序数据分析工具,能够进行质量控制、序列校正、有参比对、变异检测和一致性序列提取等分析。
CLC能够快速统计并直观展示三代测序数据的测序长度和质量,并分析质粒上是否存在变异,实时查看变异位置。对于AAV病毒等应用,CLC还有能力检查是否包装了不必要的序列,如细胞系或辅助质粒的序列,进一步确保病毒包装的准确性。
总之,尊龙凯时的CLC不仅能够完成质粒的设计与序列验证,也支持多重序列比对、构建进化树及BLAST等分析,帮助科研人员深入分析基因组、转录组、表观组、单细胞组、宏基因组等组学数据,推动生物医疗领域的创新与发展。
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