噬菌体免疫沉淀测序（Phage Immunoprecipitation Sequencing，PhIP-seq）技术是近年来兴起的一项高通量筛选技术。它结合了高容量噬菌体展示多肽库、抗体免疫沉淀及高通量测序技术，能够开展基于抗原-抗体匹配的、全局性的抗体库分析。这种技术拥有高灵敏度，能高效检测抗体与多肽的结合，深入研究结合位点，以解析抗体与靶标的作用机制。该技术在自身抗体组研究、感染性疾病相关抗体及疫苗研发等领域得到了广泛应用，为解决复杂的免疫学问题提供了强有力的工具，在生物医学研究中展现出重要的应用价值。

近期，来自荷兰格罗宁根大学的研究团队在免疫学顶刊Immunity上接连发表了两篇文章，借助噬菌体免疫沉淀检测（PhIP-seq）技术，深入构建并分析了人血清的抗体库组成，发现了炎症性肠病（IBD）的特征抗体标志物。这两篇研究采用相同的噬菌体展示肽库，筛选了超过1000例血清样本，从不同角度进行了深入探讨。该噬菌体展示肽库包含344,000条多肽，来源于微生物（如肠道微生物、益生菌、致病菌等）、致病因子数据库（VFDB）、以及免疫表位数据库（IEDB）。每条肽的长度为64个氨基酸，相邻肽之间有20个氨基酸的重叠部分。

第一篇文章聚焦于炎症性肠病（IBD），包括克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC）患者的抗体组分析。研究者利用高通量噬菌体展示免疫沉淀测序（PhIP-seq）技术，对497例IBD患者和1326例健康对照者的血清抗体进行了检测和比较，结果显示炎症性肠病患者的抗体表位谱与健康对照组有显著差异，发现373种IBD差异表达的抗体反应，其中包括202种过度表达和171种低表达的抗体。研究中指出17%的抗体同时存在于IBD的两种形式中，55%仅存在于CD患者，28%则仅出现在UC患者体内。此外，这些多肽之间存在一定的共线性，提示它们可能具有共同的抗体识别结构。

该研究还评估了这些多肽与患者临床特征的相关性，发现与疾病活动度、炎症指标和并发症显著相关，因此对应的抗体可能在发病前即已存在的遗传易感性中被激活或重新定向。接下来，作者选取了一些差异性肽段，采用递归特征消除（RFE）方法建立和优化模型，以区分IBD与对照样本。通过拟合模型，抗体表位谱能够准确区分克罗恩病患者和对照（曲线下面积[AUC]=0.89），仅使用10个抗体也能相对准确地区分（AUC=0.87）。这表明，这些特异性的多肽可以用于IBD的诊断。

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